阿勒泰机场隶属于机场集团公司，是新疆建站较早的支线机场之一。它位于阿勒泰市南郊12公里处，进场公路与国道216线相接，空中距离首府乌鲁木齐450公里。停飞近两年的新疆阿勒泰机场，经过11个月的飞行区改造，于2000年10月2日复航。
始建于1956年的阿勒泰机场，由于跑道破损，翻浆严重，被迫于1998年关闭。1999年，阿勒泰机场飞行区改造工程开工，投资近三千万元人民币，机场等级三C。新跑道全长1800m，宽45m，可起降B737客机。
早期机场
阿勒泰地区通航的历史可以追溯到二十世纪三十年代，小型军用飞机和前苏联商用飞机就开始在阿勒泰起降，使用的是无固定跑道和标志的临时机场，三十年代简易机场地址位于现阿苇滩、市冷库东南侧，四十年代的简易机场地址位于现大河林场和地区第一高级中学，五十年代初在没有正式机场的情况下，中苏民航公司迪化航线管理处用里尔飞机进行不定期飞行，运送旅客和货物，主要在阿苇滩起降。
1956年6月1日，阿勒泰机场动工新建，10月12日建成通航，开辟阿勒泰—乌鲁木齐航线，开展客货运输业务。
1985年4月20日，阿勒泰机场进行第一次改扩建，道面为橡胶沥青砼，占地面积4036.5亩。
1999年8月24日，民航总局批复了阿勒泰机场飞行区改造工程初步设计及概算，此次改造工程内容包括场道、排水、助航灯光及供电工程等。
2000年10月1日改造工程竣工并正式复航。
2001年12月18日，民航体制改革，民航乌鲁木齐管理局与新疆航空公司实现行
政管理和生产经营的分离，民航阿勒泰站划归乌管局管理，同时更名为民航乌鲁木齐管理局阿勒泰机场。
2004年4月16日，新疆机场属地化改革完成，新疆机场集团有限责任公司成立，民航乌鲁木齐管理局阿勒泰机场更名为新疆机场集团有限责任公司阿勒泰机场，成为新疆机场集团公司管辖的支线机场之一。
自2004年改革分立后，随着阿勒泰机场生产量的快速增长，新疆机场集团公司把阿勒泰机场作为投资重点之一，加大对基础设施、设备的投入。新建消防救援站、迁建锅炉房、从市区引自来水至机场。
2005年新疆建特种车库等项目，航站区改造工程概算投资4484万元。同年还进行了飞行区机坪扩建工程。
停飞近两年的新疆阿勒泰机场，经过十一个月的飞行区改造，于2000年10月2日复航。始建于一九五六年的阿勒泰机场，由于跑道破损，翻浆严重，被迫于一九九八年关闭。一九九九年，阿勒泰机场飞行区改造工程开工，投资近三千万元人民币，机场等级三C。新跑道全长一千八百米，宽四十五米，可起降波音七三七客机。
扩建工程
随着地区旅游业的快速发展，阿勒泰机场基础设施严重滞后与快速发展的航空业矛盾愈加突出。2005年12月20日，阿勒泰机场停航施工，主要内容为道面工程、助航灯光及供电改造工程、通信导航工程、停机坪扩建工程、消防工程、特种车辆、净空处理及机务常规设施，工程概算投资4700.55万元。7月16日飞行区改造工程竣工并通过民航新疆管理局验收投入使用，飞行区指标等级4C，消防救援等级6级。候机楼扩建工程于2005年10月开工建设，总面积2252.36平方米，预计投资1400余万元，并将于2006年底投入使用。随着基础设施的不断改善，种类设备的大量投入，大大提高了机场的运行保障能力，满足了地区经济建设、旅游业发展对民航的需求。
一架波音737客机成功试飞乌鲁木齐－阿勒泰航线，标志着计划观赏喀纳斯美景的游客从此可选择波音737以下机型飞机前往阿勒泰，然后再转乘汽车前往喀纳斯。2006年6月14日上午，南航新疆公司波音737－700型飞机试飞机组按照民航总局的规定，在阿勒泰机场上空飞行，对机场的导航设备、灯光系统、飞行程序进行检查，实地考察了机场跑道、滑行道情况，顺利完成了试飞的各项科目。
从2005年11月开始，阿勒泰机场进行飞行区改扩建，乌鲁木齐－阿勒泰航线暂时停航。2006年6月10日，南航新疆公司恢复了乌鲁木齐－阿勒泰航线，但因飞行区改扩建工程没有彻底竣工，仍由支线飞机ATR72执行航班。这次改扩建后的跑道增长40米，机场升至为3c级。